La palabra «proteoma» procede de la expresión «proteínas expresadas por un genoma». Hace referencia a un conjunto completo de proteínas expresadas y modificadas por una célula, un tejido o un órgano específicos en un momento dado en determinadas condiciones.
El proteoma cambia constantemente en respuesta a una serie de señales ambientales intracelulares y extracelulares, la salud o la enfermedad, la fase de desarrollo celular y los efectos de los tratamientos.